國內疫情：
新冠併發重症
第41週新冠門急診就診計1,659人次，較前一週下降16.7%，主流變異株為NB.1.8.1。
登革熱
截至10月13日累計21例本土登革熱確定病例，分別居住於高雄市(13例)、桃園市(6例)、宜蘭縣及臺北市(各1例)，無重症及死亡病例；另累計202例境外移入病例，為近6年同期次高(2020年至2024年介於9-228例)，多自東南亞國家移入(占91%)，以印尼(58例)為多，其次為越南(50例)、菲律賓(25例)及泰國(21例)。
流感
第41週(10/5-10/11)類流感門急診就診計137,988人次，較前一週下降10.2%，係為連續假期部分門診休診影響，目前處流感流行期；依實驗室監測資料顯示，目前社區中流行之呼吸道病原體以流感病毒為主，其中以A型H3N2為多，其次為A型H1N1及B型。
國外疫情：
新冠併發重症
目前全球流行的新冠病毒變異株以XFG占比最高，其次為NB.1.8.1，鄰近國家/地區如中國、香港、日本、韓國及泰國仍以NB.1.8.1占比為高。
新型A型流感
全球近期流感流行型別以A型為多，日本於10月3日宣布進入流感流行期，較去年提早5週，香港流感處高點，主要流行型別為A(H3N2)。
禽/動物疫情(WAHIS)：
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共16國於2025/10/6-10期間新增39起H5N1疫情，美國12起、印度5起、德國/法國各4起、丹麥/波蘭各2起、伊朗/保加利亞/挪威/斯洛伐克/瑞典/義大利/英國/荷蘭/葡萄牙/西班牙各1起。
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共2國於2025/10/8-9期間新增3起H5 (N untyped)疫情，美國2起、阿根廷1起。
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挪威於2025/10/6新增1起H5N5疫情。
美國乳牛感染禽流感案：
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牛場：去年3月迄今累計18州報告1,080(+¬0)起疫情，近期主要集中於內布拉斯加州。
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人類經牛感染：累計監測至少9,600例，檢測218例，其中41例陽性(結膜炎、呼吸道及流感症狀)。
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其他衍生疫情：感染家貓/羊/羊駝等，其中出現貓隻死亡案例。
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廢水監測：第38週計432個採檢點提供檢測報告，其中3州(紐澤西州、加州、奧勒岡州)共3個採檢點檢出H5陽性。
登革熱
全球登革熱疫情持續，今年迄今累計報告逾426萬例病例及3千餘例死亡，所分布之101個國家/地區，以美洲疫情較為嚴峻，巴西、哥倫比亞及墨西哥等國病例數為多；近期亞洲鄰近國家中國疫情上升，孟加拉疫情處高點波動，孟加拉、越南、斯里蘭卡及柬埔寨等國今年病例數高於去年同期；非洲亦發生疫情，以蘇丹、馬利等國病例數為多。
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